Después que el Dr. Wily fue capturado y encarcelado. Megaman se ha declarado el mismo como el rey de los robots. El se ha convertido en un malvado robot con Protoman como compañero, ambos controlando a todos los robots alrededor del mundo. Ninjaman, el único robot aun fiel al Dr. Wily, ha decidido traer justicia a el y a todos los robots. Protoman quiere saber que tan fuerte es Ninjaman, así que el espera derrotarlo. La guerra de los robots ha comenzado…
